在許多廢水處理方法中，微生物處理方法因其操作簡單，效果顯著，自然環保，二次破壞少等優點而成為最重要的廢水處理方法。諸如生物膜法和活性污泥法的方法。
現代工業廢水中的污染源類型非常混亂。為了達到降解廢水中污染物的目的，選擇具有特殊降解能力的微生物進行培養，以獲得穩定，耐沖擊，耐鹽的廢水。通過一系列馴化，污水處理菌種可以有效去除氨氮，BOD，COD，SS，硝酸鹽，硫酸鹽，顏色，氣味，有毒物質，化學污染物等。廢水經過正面預處理，然后經過厭氧和好氧生化階段，可以有效降解水中的各種污染物。
工業廢水
污水處理菌種按其功能主要分為以下幾類：
1.污水處理菌種之硝化細菌：是一種需氧細菌，包括亞硝化細菌和硝化細菌。在氮循環的水凈化過程中起著非常重要的作用。
2.污水處理菌種之反硝化細菌：反硝化細菌是一種會進行反硝化作用的細菌。它們大多數是異養和兼性厭氧細菌，例如反硝化桿菌，斯氏桿菌、螢氣極毛桿菌。在氙氣條件下，他們利用硝酸中的氧來氧化有機物質，以此來獲得其自身重要活動所需的能量。反硝化細菌廣泛分布在土壤，肥料和污水中。它可以將硝酸鹽氮轉化為氮而不是氨。它主要用于廢水處理，例如景觀水處理，城市河流處理，水產養殖處理等。
污水處理菌種之反硝化細菌
3.污水處理細菌的硝化和反硝化復合細菌：具有硝化和反硝化雙重作用的復合細菌。在日益混亂的廢水處理環境中，僅使用硝化或反硝化細菌來接觸細菌越來越困難。公司也難以準確地了解硝化和反硝化的比率，這導致大量的有害細菌或缺乏細菌，并且難以獲得所需的廢水處理效果。復合細菌可以根據水質膨脹和繁殖，并達到細菌的平衡，使廢水處理更簡單，更有效。